Tras ubicarse en la décima primera posición de la Tabla General con 20 unidades, por debajo de equipos como el descendido Gallos Blancos, Monterrey y Tijuana, los Tuzos se quedaron nuevamente muy cerca de conseguir la calificación que tanto deseaban, pero cinco derrotas en forma consecutiva vinieron a dar un cierre decadente que evitó estar en la liguilla por segundo torneo consecutivo.
Los dirigidos por Gabriel Caballero tuvieron su mejor racha en el torneo al conseguir tres victorias consecutivas: contra Toluca, Santos y Cruz Azul; mientras que la peor racha la obtuvo al cierre del torneo donde perdió de manera consecutiva cinco partidos.
Estos resultados ubicaron al Pachuca en el puesto 17 de la tabla de visitantes sólo arriba del Atlante; mientras que al cierre del Torneo consiguió posicionarse en el sexto lugar en la tabla de locales. En las 17 jornadas disputadas se recibieron 25 goles y consiguieron anotar 18 goles, con lo que en el Clausura 2013 finalizaron con una diferencia negativa de siete anotaciones.
Los jugadores más regulares fueron Rodolfo Cota, quien no se perdió ni un solo minuto del torneo al acumular 1 mil 530 en las 17 jornadas, Paulo Da Silva con 1 mil 451 minutos, Jorge Hernández con 1 mil 436, Daniel Arreola con 1 mil 305 y finalmente Miguel Herrera Equihua quien consiguió sumar 1 mil 214. De esta forma, los Tuzos tienen la encomienda de mejorar estos registros para poder acceder a la liguilla en el próximo Apertura 2013, y tener la posibilidad también de buscar un lugar en la Copa Libertadores 2014, en caso de finalizar el torneo entre los 3 primeros lugares de la tabla general.